بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت خیار دریایی holothuria parva با استفاده از توالی یابی ژن ریبوزومال میتوکندری (16s rrna) در خلیج فارس

thesis
abstract

به منظور شناسایی و تعیین ساختار و مقایسه تنوع ژنتیکی خیار دریایی holothuria parva در دو منطقه بندر بستانه و بندر دیر، روش توالی یابی ژن 16s rrna بکار رفت. به این منظور پس از نمونه برداری از ایستگاه ها، استخراج dna به روش استات آمونیوم انجام گرفت. آغازگرهای مورد استفاده با به کارگیری نرم افزار oligo7 طراحی گردید و با استفاده از آن ها واکنش های زنجیره ای پلیمراز صورت گرفت. پس از تکثیر، محصولات توسط دستگاه توالی یاب خودکار، توالی یابی شدند. بعد از تعیین توالی، آنالیز توالی ها با استفاده از نرم افزارهای chromas، bioedite، mega و dnasp انجام شد. در مجموع 417 جایگاه نوکلئوتیدی مورد مطالعه قرار گرفت که پس از بررسی در پایگاه داده ای ncbi توالی ها با ژن 16s rrna همخوانی داشتند و تعلق نمونه ها به گونهholothuria parva مورد تایید قرار گرفت. در مجموع در دو منطقه 4 هاپلوتایپ شناسایی شده که یکی از هاپلوتایپ ها در دو منطقه مشترک بوده است. بندر بستانه دارای 3 هاپلوتایپ و بندر دیر دارای 2 هاپلوتایپ بودند. تنوع هاپلوتایپی در بستانه 83% و در دیر 50% تخمین زده شد. تنوع نوکلئوتیدی در بستانه و دیر به ترتیب 007/0 و 002/0 برآورد شد. تمایز ژنتیکی (fst) ناچیز 000/0 و نرخ واگرائی (dxy) 0048/0 و جریان ژنی (nm) بالا 1874 بین دو منطقه برآورد گردید. بر اساس نتایج به دست آمده از این بررسی، احتمالا نمونه های بندر بستانه و بندر دیر از یک جمعیت یکسان هستند که به دلیل جریان ژنی بالا بین دو منطقه تمایز زیادی از هم ندارند و وجود هاپلوتایپ مشترک نیز بیانگر وجود نیای مشترک holothuria parva در دو منطقه می باشد. واژگان کلیدی: holothuria parva، خلیج فارس، تنوع ژنتیکی، 16s rrna، بستانه، دیر

similar resources

بررسی ساختار جمعیتی خیار دریایی Holothuria parva با استفاده از توالی یابی ژن ریبوزومال میتوکندری (16S rRNA) در سواحل شمالی خلیج فارس

به منظور بررسی ساختار جمعیتی خیار دریایی گونه Holothuria parva در دو منطقه بندر بستانه و بندر دیر، از روش توالی یابی ژن 16S rRNA استفاده گردید. در مجموع 417 جایگاه نوکلئوتیدی بررسی شد که پس از بررسی در پایگاه داده ای NCBI، توالی‌ها با ژن 16S rRNA همخوانی داشتند و تعلق نمونه‌ها به گونه H. parva تایید شد. در مجموع در دو منطقه 4 هاپلوتایپ شناسایی شد که یکی از هاپلوتایپ‌ها در دو منطقه مشترک بود. بن...

full text

بررسی ساختار جمعیتی خیار دریایی holothuria parva با استفاده از توالی یابی ژن ریبوزومال میتوکندری (۱۶s rrna) در سواحل شمالی خلیج فارس

به منظور بررسی ساختار جمعیتی خیار دریایی گونه holothuria parva در دو منطقه بندر بستانه و بندر دیر، از روش توالی یابی ژن 16s rrna استفاده گردید. در مجموع 417 جایگاه نوکلئوتیدی بررسی شد که پس از بررسی در پایگاه داده ای ncbi، توالی ها با ژن 16s rrna همخوانی داشتند و تعلق نمونه ها به گونه h. parva تایید شد. در مجموع در دو منطقه 4 هاپلوتایپ شناسایی شد که یکی از هاپلوتایپ ها در دو منطقه مشترک بود. بن...

full text

تعیین ساختار ژنتیکی جمعیت خیار دریایی holothuria parva با استفاده از روش pcr-rflp در سواحل شمالی خلیج فارس

چکیده خیارهای دریایی در شاخه خارپوستان رده خیارسانان قرار داشته و در حال حاضر تقریبا 1400 گونه ی زنده از این رده شناسایی شده است. در این مطالعه به منظور بررسی تنوع ژنتیکی خیار دریایی گونه holothuria parva با با استفاده از mtdna و روش pcr-rflp، تعداد 14 نمونه از بندر بوشهر و 14 نمونه از بندر لنگه جمع آوری گردید و در اتانول 96% تثبیت و به آزمایشگاه بیوتکنولوژی انتقال داده شد. استخراج dna به روش ...

بررسی مقدماتی ساختار ژنتیکی جمعیت میگوی سرتیز (Metapenaeus affinis) در آب های شمال خلیج فارس به روش توالی یابی ژن 16S rRNA

با توجه به اهمیت میگوی سرتیز (Metapenaeus affinis) در چرخه صیادی خلیج‌فارس، بررسی مقدماتی ساختار ژنتیکی جمعیت این گونه با توالی‌یابی ژن میتوکندریایی 16S rRNA انجام شد. تعداد 18 قطعه میگو از سه منطقه بندرعباس، بوشهر و خ...

full text

تنوع ژنتیکی میگوی سرتیز Metapenaeus affinis در خلیج فارس بر اساس توالی ژن میتوکندریایی 16S rRNA

میگوی سرتیز رتبه دوم میزان صید میگوی را در استان هرمزگان داشته و در چرخه صید و صیادی خلیج فارس اهمیت زیادی دارد. از این رو، بررسی تنوع ژنتیکی این گونه مهم مد نظر قرار گرفت. نمونه‌های میگو از سه منطقه بندرعباس، بوشهر و آبادان جمع‌آوری شدند و برای توالی‌یابی ژن میتوکندریایی 16S rRNA مورد بررسی قرار گرفتند. بهینه‌سازی واکنش PCR جهت تکثیر ژن انجام شد. نتایج توالی‌یابی ژن 16S rRNA که شامل 486 باز هم...

full text

بررسی ساختار ژنتیکی صدف مروراید ساز لب سیاه Pinctada sp. persica با استفاده از توالی یابی ژن سیتوکروم اکسیداز I میتوکندری در خلیج فارس

در این پژوهش به منظور بررسی ساختار ژنتیکی صدف مروراید ساز لب سیاه Pinctada sp. persica با استفاده از توالی یابی ژن سیتوکروم اکسیداز میتوکندری (COI) در خلیج فارس 28 نمونه از سه ایستگاه(لارک،شیدور و خارک)صید گردید و قطعه ای از مانتل هر نمونه در اتانول 96 درصد قرار داده شد. استخراج  DNAبه روش CTAB انجام گرفت و واکنش زنجیره ای پلی مراز با یک جفت پرایمر انجام گرفت. بعد از توالی یابی، الاین ...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


document type: thesis

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر - پژوهشکده بیوتکنولوژی

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023